uitgestorvenvogels
Antibody / Assay / Immunoblotting

De volledige chloroplast-genoomsequentie van Quercus

- juli 21, 2021juni 28, 2021 - Lieven

De volledige chloroplast-genoomsequentie van Quercus chungii (Fagaceae)

Quercus chungii  FPMetcalf, een zeldzame eik die endemisch is in Zuid-China, behoort tot de stam van de samengestelde trichomenbasis (CTB) in de   sectie Cyclobalanopsis . Het volledige chloroplast-genoom van de soort werd in deze studie verzameld en geannoteerd.

Het circulaire genoom was 160.731 bp groot, met een typische quadripartiete structuur, waaronder een groot single-copy-gebied (LSC, 90.140 bp), een klein single-copy-gebied (SSC, 18.911 bp) en twee kopieën van inverted repeat-regio’s (IR’s). , 25.840 bp). Het codeerde in totaal 113 unieke genen, waaronder 79 eiwitcoderende genen, 30 tRNA-genen en vier rRNA-genen.

Genoomsequenties van humaan cytomegalovirus stam TB40/E varianten vermeerderd in fibroblasten en epitheelcellen

De komst van sequencing van het hele genoom heeft onthuld dat gewone laboratoriumstammen van humaan cytomegalovirus (HCMV) grote genetische tekortkomingen hebben als gevolg van seriële passage in fibroblasten. In het bijzonder gaat tropisme voor epitheel- en endotheelcellen verloren door mutaties die de genen UL128, UL130 of UL131A verstoren, die coderen voor subeenheden van een virion-geassocieerd pentamerisch advanced (PC) dat belangrijk is voor virale toegang tot deze cellen, maar niet voor toegang tot fibroblasten. De aan endotheelcellen aangepaste stam TB40/E heeft een relatief intact genoom en is naar voren gekomen als een laboratoriumstam die sterk lijkt op het wildtype virus. Er bestaan ​​echter verschillende heterogene TB40/E-aandelen en gekloonde varianten die een reeks sequentie- en tropisme-eigenschappen vertonen.

Hier rapporteren we het gebruik van PacBio-sequencing om de genetische veranderingen op te helderen die plaatsvonden, zowel op consensusniveau als binnen subpopulaties, bij het passeren van een TB40 / E-voorraad op ARPE-19-epitheelcellen. De lang gelezen gegevens vergemakkelijkten ook het onderzoek van de koppeling tussen mutaties. In overeenstemming met inefficiënte ARPE-19-celinvoer, bevatte ten minste 83% van de virale genomen die aanwezig waren vóór aanpassing veranderingen die van invloed waren op pc-subeenheden. In tegenstelling, en constant met het belang van de laptop voor toegang tot endotheel- en epitheelcellen, misten genomen na aanpassing deze of aanvullende mutaties die van invloed waren op pc-subeenheden.

De sequentiegegevens onthulden ook zes enkele niet-coderende substituties in de geïnverteerde herhalingsgebieden, enkele niet-synonieme substituties in genen UL26, UL69, US28 en UL122, en een frameshift-afknotgen UL141. Van de veranderingen die van invloed zijn op eiwitcoderende regio’s, werd alleen die in UL122 sterk geselecteerd. Deze verandering, resulterend in een D390H-substitutie in het gecodeerde eiwit IE2, is eerder betrokken geweest bij het essentieel maken van een ander viraal eiwit, UL84, voor virale replicatie in fibroblasten. Deze bevinding suggereert dat IE2 en misschien zijn interacties met UL84 belangrijke functies hebben die uniek zijn voor HCMV-replicatie in epitheelcellen.

uitgestorvenvogels
uitgestorvenvogels

Sequentiemodificatie op aanvraag: zoek en vervang instruments voor nauwkeurige genbewerking in planten

Tot voor kort was ons vermogen om allelische diversiteit in planten te genereren beperkt tot de introductie van varianten van gedomesticeerde en wilde soorten door te kweken through ongecontroleerde recombinatie of het gebruik van chemische en fysische mutagenen-processen die respectievelijk langdurig en kostbaar zijn of geen specificiteit hebben. Genbewerking biedt een snellere en nauwkeurigere manier om nieuwe variatie te creëren, hoewel de toepassing ervan in planten werd gedomineerd door het creëren van korte insertie- en deletiemutaties die leidden tot verlies van genfunctie, voornamelijk als gevolg van de afhankelijkheid van bewerkingsresultaten op het DNA-herstelpad keuzes die intrinsiek zijn aan hogere eukaryoten.

Andere soorten bewerkingen zoals puntmutaties en nauwkeurige en vooraf ontworpen gerichte sequentie-inserties zijn zelden geïmplementeerd, ondanks het feit dat ze middelen bieden om de expressie van doelwitgenen te moduleren of om de functie en stabiliteit van hun eiwitproducten te manipuleren . De afgelopen jaren zijn er verschillende ontwikkelingen ontwikkeld om aangepaste bewerkingen te vergemakkelijken door de keuzes van reparatiepaden te reguleren of door gebruik te maken van alternatieve soorten DNA-reparatie. We hebben de komst gezien van nieuwe instruments voor het bewerken van genen die onafhankelijk zijn van DNA-dubbelstrengsbreukenreparatie en methoden die volledig onafhankelijk zijn van de DNA-reparatieprocessen van de gastheer worden steeds meer onderzocht. Met het doel een uitgebreid overzicht te geven van de state-of-the-art methodologie voor allelvervanging in planten, bespreek ik de adoptie van deze verbeteringen voor plantgenoomengineering.

Gentelling van doelsequentie-opname plaatst drie volledige genoomduplicatiegebeurtenissen in Hibiscus L. (Malvaceae)

Achtergrond:  De grote diversiteit in genoomgrootte en chromosoomaantal van planten is deels te wijten aan polyploïdisatie (dwz genoomverdubbeling). De verschillen in genoomgrootte en chromosoomaantal tussen diploïde plantensoorten kunnen een venster zijn op het intrigerende fenomeen van genoomverdubbeling in het verleden, dat in de loop van de tijd kan worden verdoezeld door het proces van diploïdisatie. Het geslacht Hibiscus L. (Malvaceae) heeft een grote diversiteit aan chromosoomaantallen en een complexe genomische geschiedenis. Hibiscus is ideaal voor het onderzoeken van genomische gebeurtenissen uit het verleden, need hoewel er twee oude genoomduplicatiegebeurtenissen zijn geïdentificeerd, zullen er waarschijnlijk meer worden gevonden vanwege de diversiteit aan chromosoomaantallen. Om de geschiedenis van duplicatiegebeurtenissen van het hele genoom in Hibiscus opnieuw te beoordelen, hebben we drie alternatieve situation’s getest die verschillende polyploïdisatiegebeurtenissen beschrijven.

Resultaten:  Met behulp van het vastleggen van doelsequenties hebben we een nieuwe probeset voor Hibiscus ontworpen en 87 orthologe genen gegenereerd van vier diploïde soorten. We hebben paralogen gedetecteerd in> 54% vermeende single-copy genen. 34 van deze genen werden geselecteerd voor het testen van drie verschillende situation’s voor genoomduplicatie met behulp van gentelling. Alle soorten Hibiscus die werden bemonsterd, deelden één genoomduplicatie met H. syriacus, en één volledige genoomduplicatie vond plaats langs de tak die naar H. syriacus leidde.

Conclusies:  Hier bevestigden we de onafhankelijke genoomverdubbeling die eerder werd gevonden in de lijn die leidde tot H. syriacus en een gedeelde genoomverdubbeling van deze lijn en de relaxation van Hibiscus. Bovendien vonden we een voorheen onontdekte genoomduplicatie die werd gedeeld door de /Pavonia- en /Malvaviscus-clades (beide genesteld in Hibiscus) met het voorkomen van twee kopieën in wat anders single-copy genen waren. Onze resultaten benadrukken de complexiteit van genomische diversiteit in sommige plantengroepen, wat orthologische beoordeling en nauwkeurige fylogenomische gevolgtrekking moeilijk maakt.

Ontwerp-genoomsequentie van Pandrug-resistente Pseudomonas aeruginosa SPA03, geïsoleerd van een patiënt met goedaardige prostaathyperplasie

Het conceptgenoom van pandrug-resistente Pseudomonas aeruginosa-stam SPA03, die behoort tot de wereldwijde hoogrisicosequentie sort 357 (ST357) en werd geïsoleerd uit een patiënt met goedaardige prostaathyperplasie, wordt in dit rapport gepresenteerd.

De genoomassemblage werd gegenereerd door kort gelezen Illumina HiSeq-X Ten en langgelezen Oxford Nanopore Applied sciences MinION-sequentiegegevens te combineren met behulp van de Unicycler-assembler.

1Kb Plus DNA Marker
20-abx098051
  • EUR 360.00
  • EUR 243.60
  • 2.5 ml
  • 500 ul

DL2000 Plus DNA Marker
MD101-01 250 μl
EUR 128.4

DL2000 Plus DNA Marker
MD101-02 500 μl
EUR 135.6

Peacock Plus Prestained Protein Marker
9-21531
  • EUR 240.00
  • EUR 139.20
  • 500UL
  • 50UL
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 50UL

Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit
CN-03389H1 96T
EUR 525.6

Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit
CN-03389H2 48T
EUR 346.8

Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit
201-12-1324 96 tests
EUR 528
Description: A quantitative ELISA kit for measuring Human in samples from biological fluids.

Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit
GA-E1340HM-48T 48T
EUR 346.8

Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit
GA-E1340HM-96T 96T
EUR 559.2

Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit
QY-E02370 96T
EUR 433.2

100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use
D1103-050 500 ul
EUR 181.2

100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use
D1103-100 2x500 ul
EUR 230.4

200-2000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use
GM401 50loading, 50prep
EUR 72.53

100-5000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use
SGM03 50loading, 50prep
EUR 80.88

Canon KP-108IN Ink And Paper Set
ELE0048 EACH
EUR 79.8

SureClean Plus
BIO-37047 1 x 5ml Ask for price

SureClean Plus
BIO-37048 2 x 12.5ml Ask for price

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-01 5 ml
EUR 159.6

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-02 15 ml
EUR 231.6

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-03 50 ml
EUR 466.8

2K Plus DNA Marker (8 linear double-stranded DNA bands)
20-abx098046
  • EUR 309.60
  • EUR 226.80
  • 2.5 ml
  • 500 ul

2K Plus DNA Marker (9 linear double-stranded DNA bands)
20-abx098047
  • EUR 309.60
  • EUR 226.80
  • 2.5 ml
  • 500 ul

100bp Plus DNA Marker (12 linear double-stranded DNA bands)
20-abx098053
  • EUR 326.40
  • EUR 226.80
  • 2.5 ml
  • 500 ul

100bp Plus DNA Marker (14 linear double-stranded DNA bands)
20-abx098054
  • EUR 360.00
  • EUR 243.60
  • 2.5 ml
  • 500 ul

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-01 5 ml
EUR 160.8

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-02 15 ml
EUR 231.6

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-03 50 ml
EUR 466.8

Plus PCR SuperMix
20-abx098888
  • EUR 292.80
  • EUR 560.40
  • 1 ml
  • 5 ml

MagSi-NGSPREP Plus*
MDKT00010005 5 mL
EUR 76.8

MagSi-NGSPREP Plus*
MDKT00010075 75 mL
EUR 714

MagSi-NGSPREP Plus*
MDKT00010500 500 mL
EUR 3564

SafeView™ Plus
G468 1.0 ml (10000X)
EUR 127.2

Accuris Taq Plus
PR1000-TP-250 1 PC
EUR 233.99

Accuris Taq Plus
PR1000-TP-500 1 PC
EUR 327.78

Accuris Taq Plus
PR1000-TP-S 1 PC
EUR 83.75

i-BRITE Plus
SF40000-10 10 ml
EUR 292.8

Colorex Salmonella Plus
MED1234 PK10
EUR 18.03

Surface Protein Plus
FSA1108 PK50
EUR 176.7

SL4 Plus Centrifuge
75009912 EACH
EUR 7071.42

SL4R Plus Centrifuge
75009927 EACH
EUR 11389.74

Percoll Plus 1L
17544501 EACH
EUR 641.82

arium mini plus
WAT4280 EACH
EUR 4894.02

JBScreen Plus Kosmotropic
M-CS-501 24 solutions
EUR 226
Description: JBScreen Plus Kosmotropic

JBScreen Plus Chaotropic
M-CS-502 24 solutions
EUR 226
Description: JBScreen Plus Chaotropic

JBScreen Plus Salts
M-CS-503 24 solutions
EUR 226
Description: JBScreen Plus Salts

JBScreen Plus Additives
M-CS-504 24 solutions
EUR 226
Description: JBScreen Plus Additives

JBScreen Plus Volatiles
M-CS-505 24 solutions
EUR 226
Description: JBScreen Plus Volatiles

ACTGene? DNA Marker, 1 kb Plus Ladder, 19 Fragments, 100 loads
ACT-IDMWD2
EUR 178.8

Cellmaxin Plus, 10.5mg/ml
C3319-006 6x1ml
EUR 250.8

Cellmaxin Plus, 10.5mg/ml
C3319-020 20ml
EUR 375.6

AlbuSorb™ PLUS Kit
APK285-100 100 preps
EUR 2434.8
Description: Albumin Removal Kit

AlbuSorb™ PLUS Kit
APK285-20 20 preps
EUR 625.2
Description: Albumin Removal Kit

AlbuTrial™ PLUS Kit
AVPS-05 5 preps AlbuSorb™ PLUS & 5 preps AlbuVoid™ PLUS Kit
EUR 625.2
Description: Albumin Removal Kit

Taq Plus DNA Polymerase
P201-01 250 U
EUR 147.6

Taq Plus DNA Polymerase
P201-02 1000 U
EUR 213.6

Taq Plus DNA Polymerase
P201-03 3000 U
EUR 382.8

Novel Green PLUS (20000X)
LD003-0500 500 µl
EUR 206.4

Novel Green PLUS (20000X)
LD003-0500L 5x500 µl
EUR 877.2

AlbuVoid™ PLUS Kit
NP-AVK-05 5 preps
EUR 486
Description: Albumin Removal Kit

AlbuVoid™ PLUS Kit
NP-AVK10 10 preps
EUR 704.4
Description: Albumin Removal Kit

SmartBlue PLUS Viewing Glasses
E4000-VG1 1/pack
EUR 106.66
Description: SmartBlue PLUS Viewing Glasses

Bacteria RNA Plus Reagent
R402-01 20 ml
EUR 156

Dual Spot PLUS System
MIC2516 EACH
EUR 938.22

Slide Superfrost Plus 76x26x1mm
MIC3040 PK72
EUR 35.23

Checker Plus pH Tester
HI98100 EACH
EUR 55.75

omniDOC Plus Blue LED
ELE2502 EACH
EUR 7493.22

omniDOC Plus Blue LED
ELE2506 EACH
EUR 7617.48

Ecl Plus Western Blotting
RPN2236 PK3
EUR 532.38

Water Plus - Total ATP
FSA1090 PK100
EUR 485.64

Clear Seal Plus Sheets125mmX78mm
PCR1386 PK100
EUR 62.7

Thermo Scientific SL1 Plus
75009600 EACH
EUR 5250.84

Thermo Scientific SL1R Plus
75009630 EACH
EUR 8972.94

Thermo Scientific SL4F Plus
75009951 EACH
EUR 11298.54

Thermo Scientific SL4RF Plus
75009953 EACH
EUR 13691.4

RotoFlex Plus Magnetic Platform
ARG1640 EACH
EUR 315.78

Whatman Benchkote Plus 50x60cm
BEN1100 PK50
EUR 133.38

Bottle Pressure Plus 250mL
BOT8038 PK10
EUR 237.12

Bottle Pressure Plus 500mL
BOT8040 PK10
EUR 295.26

GammaBind Plus Sepharose 5mL
17088601 EACH
EUR 1002.06

GammaBind Plus Sepharose 25mL
17088602 EACH
EUR 3746.04

GammaBind Plus Sepharose 500mL
17088604 EACH
EUR 21152.7

Percoll Plus 250 Ml
17544502 EACH
EUR 232.56

mini plus PreTreatment Cartridge
WAT4288 EACH
EUR 373.92

IKA Matrix Delta Plus
SHA5030 EACH
EUR 1903.8

Jenway Genova Plus Spectrophotometer
SPE3200 EACH
EUR 5039.94

JBScreen Plus Complete all 5 JBScreen Plus kits for a special price
M-CS-506 5 Kits
EUR 986
Description: JBScreen Plus Complete all 5 JBScreen Plus kits for a special price

Citrate Plus (10x) HIER Solution
CPL500 500 ml
EUR 165.6

Citrate Plus (10x) HIER Solution
CPL999 1000 ml
EUR 246

Caspase Fluorometric Substrate Set Plus
55R-1316 7 x 25 assays
EUR 1257.6
Description: Caspase Fluorometric Substrate Set for use in immunoassays activity in the research laboratory

Caspase Colorimetric Substrate Set Plus
55R-1317 7 x 25 assays
EUR 1257.6
Description: Caspase Fluorometric Substrate Set for use in immunoassays activity in the research laboratory

Recombinant Taq Plus DNA Polymerase
7-03631 250U Ask for price

Recombinant Taq Plus DNA Polymerase
7-03632 750U Ask for price

Recombinant Taq Plus DNA Polymerase
7-03633 2,500U Ask for price

Up Plus RNA Extraction Kit
20-abx098093
  • EUR 444.00
  • EUR 126.00
  • 100 rxns
  • 2 rxns

KD Plus DNA Polymerase Enzyme
abx071022-100U 100 U
EUR 292.8

KD Plus DNA Polymerase Enzyme
abx071022-1200U 1200 U
EUR 1078.8

KD Plus DNA Polymerase Enzyme
abx071022-200U 200 U
EUR 376.8

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)
abx073522-2500U 2.500 U
EUR 710.4

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)
abx073522-250U 250 U
EUR 276

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)
abx073522-750U 750 U
EUR 393.6

mTFP-nAb Plus Biotinylated 25µg
ABP-NAB-MTFPPB 25µg Ask for price

p16-nAb Plus Biotinylated 25µg
ABP-NAB-P16PB 25µg Ask for price

TNFa-nAb Plus Biotinylated 25µg
ABP-NAB-TNFAPB 25 µg Ask for price

VEGF-nAb Plus Biotinylated 25µg
ABP-NAB-VEGFPB 25µg Ask for price

ECL Plus Western Blotting Substrate
AR1196 50mL(sufficient reagents for 500 cm2 of membrane)
EUR 121.2

2 × Taq Plus Master Mix
P211-01 5 ml
EUR 160.8

2 × Taq Plus Master Mix
P211-02 15 ml
EUR 231.6

2 × Taq Plus Master Mix
P211-03 50 ml
EUR 466.8

Protein A/G-Agarose Plus
P9303-005 5ml
EUR 400.8

Protein A/G-Agarose Plus
P9303-010 10ml
EUR 902.4

Protein A/G-Agarose Plus
P9303-020 20ml
EUR 1534.8

Protein A/G-Agarose Plus
P9303-050 50ml
EUR 2247.6

DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus
L1049-.1 100 uL/well(10 mM solution)
EUR 4232.4

DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus
L1049-.25 250 uL/well(10 mM solution)
EUR 7503.6

DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus
L1049-5 5 mg/well
EUR 9786

VAHTS Universal Plus Fragmentation Module
N209-01 24 rxn
EUR 451.2

VAHTS Universal Plus Fragmentation Module
N209-02 96 rxn
EUR 1226.4

Taq Plus DNA Polymerase (PCR)
G012 250 U (50 ul)
EUR 87.6

2X PCR Taq Plus MasterMix
G014 5.0 ml (200 Rxns)
EUR 127.2

Taq Plus DNA Polymerase (PCR)
G040 1000 U (200 ul)
EUR 127.2

2X PCR Taq Plus MasterMix
G901 25.0 ml (1000 Rxns)
EUR 358.8

Caspase Fluorometric Substrate Set Plus
K135-7-25
EUR 848.4

Caspase Colorimetric Substrate Set Plus
K136-7-25
EUR 848.4

Caspase Fluorometric Substrate Set Plus
K2146-175 7x25 assays
EUR 936

Caspase Colorimetric Substrate Set Plus
K2147-175 7x25 assays
EUR 936

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-1000 1 PC
EUR 992.89

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-200 1 PC
EUR 291.41

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-S 1 PC
EUR 83.75

Superfrost® Plus microscope slides
PO103 box (72 slides)
EUR 123.6

Polariser For Spot/spot Plus
MIC2526 EACH
EUR 152.76

EZ Read 800 Plus ELISA
MIC6144 EACH
EUR 8253.6

EZ Read 800 Plus Research
MIC6146 EACH
EUR 7503.48

Clear Seal Plus Roll 250mX115mm
PCR0670 1ROLL
EUR 453.72

FICOLL PAQUE PLUS 6X100 ML
GE17-1440-02 EACH
EUR 273.6

Eppendorf Concentrator plus complete system
E5305000363 EACH
EUR 7641.42

Nugenius Gel Docu System Plus
ELE0030 EACH
EUR 7993.68

omniDOC Plus White Light Table
ELE2504 EACH
EUR 7113.6

Sartorius Minisart Plus .2um Filter
FIL6610 PK50
EUR 185.82

Sartorius Filter Minisart Plus 0.2um
FIL6612 PK500
EUR 1119.48

Sartorius Filter Minisart Plus 0.45um
FIL6614 PK50
EUR 191.52

Sartorius Filter Minisart Plus 0.45um
FIL6616 PK500
EUR 1119.48

FiveEasy Plus FP20 FP20-Meter
PHM0040 EACH
EUR 609.9

FiveEasy Plus FP20 FP20-Standard
PHM0041 EACH
EUR 746.7

FiveEasy Plus FP20 FP20-Bio
PHM0042 EACH
EUR 775.2

FiveEasy Plus FP20 FP20-Micro
PHM0043 EACH
EUR 780.9

FiveEasy Plus FP20 FP20-TRIS
PHM0044 EACH
EUR 758.1

FiveEasy Plus FP30 FP30-Meter
CON0040 EACH
EUR 894.9

FiveEasy Plus FP30 FP30-Standard
CON0041 EACH
EUR 1031.7

Locator JR PLUS Cryo Vessel
CRY1014 EACH
EUR 6303.06

Locator 4 PLUS Cryo Vessel
CRY1016 EACH
EUR 7433.94

Locator 6 PLUS Cryo Vessel
CRY1018 EACH
EUR 8241.06

Locator JR PLUS with Monitor
CRY1022 EACH
EUR 8342.52

Locator 4 PLUS with Monitor
CRY1024 EACH
EUR 9368.52

Locator 6 PLUS with Monitor
CRY1026 EACH
EUR 10402.5

Whatman Benchkote Plus 60cmx50m Roll
BEN1102 1ROLL
EUR 262.2

Pressure Plus 250mL Amber Bottle
BOT2272 PK10
EUR 428.64

Ficoll Paque Plus 6x100 Ml
17144002 EACH
EUR 220.02

Lambda Plus Pipette Starter Kit
4069 EACH
EUR 849.3

Sprout Plus Mini Centrifuge Green
CEN2114 EACH
EUR 393.3

Sprout Plus Mini Centrifuge Blue
CEN2116 EACH
EUR 393.3

Super-Q½ Plus 230V 50Hz
ZFSQ240P4 EACH
EUR 16135.56

Geef een antwoord

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *