De volledige chloroplast-genoomsequentie van Quercus chungii (Fagaceae)
Quercus chungii FPMetcalf, een zeldzame eik die endemisch is in Zuid-China, behoort tot de stam van de samengestelde trichomenbasis (CTB) in de sectie Cyclobalanopsis . Het volledige chloroplast-genoom van de soort werd in deze studie verzameld en geannoteerd.
Het circulaire genoom was 160.731 bp groot, met een typische quadripartiete structuur, waaronder een groot single-copy-gebied (LSC, 90.140 bp), een klein single-copy-gebied (SSC, 18.911 bp) en twee kopieën van inverted repeat-regio’s (IR’s). , 25.840 bp). Het codeerde in totaal 113 unieke genen, waaronder 79 eiwitcoderende genen, 30 tRNA-genen en vier rRNA-genen.
Genoomsequenties van humaan cytomegalovirus stam TB40/E varianten vermeerderd in fibroblasten en epitheelcellen
De komst van sequencing van het hele genoom heeft onthuld dat gewone laboratoriumstammen van humaan cytomegalovirus (HCMV) grote genetische tekortkomingen hebben als gevolg van seriële passage in fibroblasten. In het bijzonder gaat tropisme voor epitheel- en endotheelcellen verloren door mutaties die de genen UL128, UL130 of UL131A verstoren, die coderen voor subeenheden van een virion-geassocieerd pentamerisch advanced (PC) dat belangrijk is voor virale toegang tot deze cellen, maar niet voor toegang tot fibroblasten. De aan endotheelcellen aangepaste stam TB40/E heeft een relatief intact genoom en is naar voren gekomen als een laboratoriumstam die sterk lijkt op het wildtype virus. Er bestaan echter verschillende heterogene TB40/E-aandelen en gekloonde varianten die een reeks sequentie- en tropisme-eigenschappen vertonen.
Hier rapporteren we het gebruik van PacBio-sequencing om de genetische veranderingen op te helderen die plaatsvonden, zowel op consensusniveau als binnen subpopulaties, bij het passeren van een TB40 / E-voorraad op ARPE-19-epitheelcellen. De lang gelezen gegevens vergemakkelijkten ook het onderzoek van de koppeling tussen mutaties. In overeenstemming met inefficiënte ARPE-19-celinvoer, bevatte ten minste 83% van de virale genomen die aanwezig waren vóór aanpassing veranderingen die van invloed waren op pc-subeenheden. In tegenstelling, en constant met het belang van de laptop voor toegang tot endotheel- en epitheelcellen, misten genomen na aanpassing deze of aanvullende mutaties die van invloed waren op pc-subeenheden.
De sequentiegegevens onthulden ook zes enkele niet-coderende substituties in de geïnverteerde herhalingsgebieden, enkele niet-synonieme substituties in genen UL26, UL69, US28 en UL122, en een frameshift-afknotgen UL141. Van de veranderingen die van invloed zijn op eiwitcoderende regio’s, werd alleen die in UL122 sterk geselecteerd. Deze verandering, resulterend in een D390H-substitutie in het gecodeerde eiwit IE2, is eerder betrokken geweest bij het essentieel maken van een ander viraal eiwit, UL84, voor virale replicatie in fibroblasten. Deze bevinding suggereert dat IE2 en misschien zijn interacties met UL84 belangrijke functies hebben die uniek zijn voor HCMV-replicatie in epitheelcellen.
Sequentiemodificatie op aanvraag: zoek en vervang instruments voor nauwkeurige genbewerking in planten
Tot voor kort was ons vermogen om allelische diversiteit in planten te genereren beperkt tot de introductie van varianten van gedomesticeerde en wilde soorten door te kweken through ongecontroleerde recombinatie of het gebruik van chemische en fysische mutagenen-processen die respectievelijk langdurig en kostbaar zijn of geen specificiteit hebben. Genbewerking biedt een snellere en nauwkeurigere manier om nieuwe variatie te creëren, hoewel de toepassing ervan in planten werd gedomineerd door het creëren van korte insertie- en deletiemutaties die leidden tot verlies van genfunctie, voornamelijk als gevolg van de afhankelijkheid van bewerkingsresultaten op het DNA-herstelpad keuzes die intrinsiek zijn aan hogere eukaryoten.
Andere soorten bewerkingen zoals puntmutaties en nauwkeurige en vooraf ontworpen gerichte sequentie-inserties zijn zelden geïmplementeerd, ondanks het feit dat ze middelen bieden om de expressie van doelwitgenen te moduleren of om de functie en stabiliteit van hun eiwitproducten te manipuleren . De afgelopen jaren zijn er verschillende ontwikkelingen ontwikkeld om aangepaste bewerkingen te vergemakkelijken door de keuzes van reparatiepaden te reguleren of door gebruik te maken van alternatieve soorten DNA-reparatie. We hebben de komst gezien van nieuwe instruments voor het bewerken van genen die onafhankelijk zijn van DNA-dubbelstrengsbreukenreparatie en methoden die volledig onafhankelijk zijn van de DNA-reparatieprocessen van de gastheer worden steeds meer onderzocht. Met het doel een uitgebreid overzicht te geven van de state-of-the-art methodologie voor allelvervanging in planten, bespreek ik de adoptie van deze verbeteringen voor plantgenoomengineering.
Gentelling van doelsequentie-opname plaatst drie volledige genoomduplicatiegebeurtenissen in Hibiscus L. (Malvaceae)
Achtergrond: De grote diversiteit in genoomgrootte en chromosoomaantal van planten is deels te wijten aan polyploïdisatie (dwz genoomverdubbeling). De verschillen in genoomgrootte en chromosoomaantal tussen diploïde plantensoorten kunnen een venster zijn op het intrigerende fenomeen van genoomverdubbeling in het verleden, dat in de loop van de tijd kan worden verdoezeld door het proces van diploïdisatie. Het geslacht Hibiscus L. (Malvaceae) heeft een grote diversiteit aan chromosoomaantallen en een complexe genomische geschiedenis. Hibiscus is ideaal voor het onderzoeken van genomische gebeurtenissen uit het verleden, need hoewel er twee oude genoomduplicatiegebeurtenissen zijn geïdentificeerd, zullen er waarschijnlijk meer worden gevonden vanwege de diversiteit aan chromosoomaantallen. Om de geschiedenis van duplicatiegebeurtenissen van het hele genoom in Hibiscus opnieuw te beoordelen, hebben we drie alternatieve situation’s getest die verschillende polyploïdisatiegebeurtenissen beschrijven.
Resultaten: Met behulp van het vastleggen van doelsequenties hebben we een nieuwe probeset voor Hibiscus ontworpen en 87 orthologe genen gegenereerd van vier diploïde soorten. We hebben paralogen gedetecteerd in> 54% vermeende single-copy genen. 34 van deze genen werden geselecteerd voor het testen van drie verschillende situation’s voor genoomduplicatie met behulp van gentelling. Alle soorten Hibiscus die werden bemonsterd, deelden één genoomduplicatie met H. syriacus, en één volledige genoomduplicatie vond plaats langs de tak die naar H. syriacus leidde.
Conclusies: Hier bevestigden we de onafhankelijke genoomverdubbeling die eerder werd gevonden in de lijn die leidde tot H. syriacus en een gedeelde genoomverdubbeling van deze lijn en de relaxation van Hibiscus. Bovendien vonden we een voorheen onontdekte genoomduplicatie die werd gedeeld door de /Pavonia- en /Malvaviscus-clades (beide genesteld in Hibiscus) met het voorkomen van twee kopieën in wat anders single-copy genen waren. Onze resultaten benadrukken de complexiteit van genomische diversiteit in sommige plantengroepen, wat orthologische beoordeling en nauwkeurige fylogenomische gevolgtrekking moeilijk maakt.
Ontwerp-genoomsequentie van Pandrug-resistente Pseudomonas aeruginosa SPA03, geïsoleerd van een patiënt met goedaardige prostaathyperplasie
Het conceptgenoom van pandrug-resistente Pseudomonas aeruginosa-stam SPA03, die behoort tot de wereldwijde hoogrisicosequentie sort 357 (ST357) en werd geïsoleerd uit een patiënt met goedaardige prostaathyperplasie, wordt in dit rapport gepresenteerd.
De genoomassemblage werd gegenereerd door kort gelezen Illumina HiSeq-X Ten en langgelezen Oxford Nanopore Applied sciences MinION-sequentiegegevens te combineren met behulp van de Unicycler-assembler.
 KP-457 |
|||
| HY-110397 | MedChemExpress | 100mg | EUR 3838 |
 1Kb Plus DNA Marker |
|||
| 20-abx098051 | Abbexa |
|
|
|
|||
 DL2000 Plus DNA Marker |
|||
| MD101-01 | Vazyme | 250 μl | EUR 107 |
DL2000 Plus DNA Marker |
|||
| MD101-02 | Vazyme | 500 μl | EUR 113 |
 Peacock Plus Prestained Protein Marker |
|||
| 9-21531 | Biotium |
|
|
|
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 50UL |
|||
 Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit |
|||
| 201-12-1324 | SunredBio | 96 tests | EUR 440 |
|
|||
|
Description: A quantitative ELISA kit for measuring Human in samples from biological fluids. |
|||
Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit |
|||
| CN-03389H1 | ChemNorm | 96T | EUR 438 |
Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit |
|||
| CN-03389H2 | ChemNorm | 48T | EUR 289 |
ELISA Kit) Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit |
|||
| GA-E1340HM-48T | GenAsia Biotech | 48T | EUR 289 |
Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit |
|||
| GA-E1340HM-96T | GenAsia Biotech | 96T | EUR 466 |
Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit |
|||
| QY-E02370 | Qayee Biotechnology | 96T | EUR 361 |
 100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use |
|||
| D1103-050 | GenDepot | 500 ul | EUR 151 |
100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use |
|||
| D1103-100 | GenDepot | 2x500 ul | EUR 192 |
 200-2000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use |
|||
| GM401 | Bio Basic | 50loading, 50prep | EUR 60.44 |
|
|||
 100-5000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use |
|||
| SGM03 | Bio Basic | 50loading, 50prep | EUR 67.4 |
|
|||
 SureClean Plus |
|||
| BIO-37047 | Bioline | 1 x 5ml | Ask for price |
SureClean Plus |
|||
| BIO-37048 | Bioline | 2 x 12.5ml | Ask for price |
) 2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P212-01 | Vazyme | 5 ml | EUR 133 |
2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P212-02 | Vazyme | 15 ml | EUR 193 |
2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus) |
|||
| P212-03 | Vazyme | 50 ml | EUR 389 |
) 2K Plus DNA Marker (8 linear double-stranded DNA bands) |
|||
| 20-abx098046 | Abbexa |
|
|
|
|||
) 2K Plus DNA Marker (9 linear double-stranded DNA bands) |
|||
| 20-abx098047 | Abbexa |
|
|
|
|||
) 100bp Plus DNA Marker (12 linear double-stranded DNA bands) |
|||
| 20-abx098053 | Abbexa |
|
|
|
|||
) 100bp Plus DNA Marker (14 linear double-stranded DNA bands) |
|||
| 20-abx098054 | Abbexa |
|
|
|
|||
) 2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus) |
|||
| P213-01 | Vazyme | 5 ml | EUR 134 |
2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus) |
|||
| P213-02 | Vazyme | 15 ml | EUR 193 |
2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus) |
|||
| P213-03 | Vazyme | 50 ml | EUR 389 |
 Plus PCR SuperMix |
|||
| 20-abx098888 | Abbexa |
|
|
|
|||
 SafeView™ Plus |
|||
| G468 | ABM | 1.0 ml (10000X) | EUR 106 |
 Accuris Taq Plus |
|||
| PR1000-TP-250 | BenchMark | 1 PC | EUR 194.99 |
|
|||
Accuris Taq Plus |
|||
| PR1000-TP-500 | BenchMark | 1 PC | EUR 273.15 |
|
|||
Accuris Taq Plus |
|||
| PR1000-TP-S | BenchMark | 1 PC | EUR 69.79 |
|
|||
 i-BRITE Plus |
|||
| SF40000-10 | Neuromics | 10 ml | EUR 244 |
 ACTGene? DNA Marker, 1 kb Plus Ladder, 19 Fragments, 100 loads |
|||
| ACT-IDMWD2 | ACTGene | EUR 149 | |
 LAMBDA PLUS STARTER KIT |
|||
| 4069 | CORNING | 1/pk | EUR 643 |
|
Description: Corning and Axygen Liquid Handling Equipment; Corning Lambda Plus Single Channel Pipettors |
|||
 AlbuSorb™ PLUS Kit |
|||
| APK285-100 | Biotech Support Group | 100 preps | EUR 2029 |
|
Description: Albumin Removal Kit |
|||
AlbuSorb™ PLUS Kit |
|||
| APK285-20 | Biotech Support Group | 20 preps | EUR 521 |
|
Description: Albumin Removal Kit |
|||
 AlbuTrial™ PLUS Kit |
|||
| AVPS-05 | Biotech Support Group | 5 preps AlbuSorb™ PLUS & 5 preps AlbuVoid™ PLUS Kit | EUR 521 |
|
Description: Albumin Removal Kit |
|||
 Cellmaxin Plus, 10.5mg/ml |
|||
| C3319-006 | GenDepot | 6x1ml | EUR 209 |
Cellmaxin Plus, 10.5mg/ml |
|||
| C3319-020 | GenDepot | 20ml | EUR 313 |
 Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| P201-01 | Vazyme | 250 U | EUR 123 |
Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| P201-02 | Vazyme | 1000 U | EUR 178 |
Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| P201-03 | Vazyme | 3000 U | EUR 319 |
) Novel Green PLUS (20000X) |
|||
| LD003-0500 | GeneOn | 500 µl | EUR 172 |
Novel Green PLUS (20000X) |
|||
| LD003-0500L | GeneOn | 5x500 µl | EUR 731 |
 AlbuVoid™ PLUS Kit |
|||
| NP-AVK-05 | Biotech Support Group | 5 preps | EUR 405 |
|
Description: Albumin Removal Kit |
|||
AlbuVoid™ PLUS Kit |
|||
| NP-AVK10 | Biotech Support Group | 10 preps | EUR 587 |
|
Description: Albumin Removal Kit |
|||
 SmartBlue PLUS Viewing Glasses |
|||
| E4000-VG1 | MTC Bio | 1/pack | EUR 88.88 |
|
Description: SmartBlue PLUS Viewing Glasses |
|||
 Bacteria RNA Plus Reagent |
|||
| R402-01 | Vazyme | 20 ml | EUR 130 |
 Recombinant Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| 7-03631 | CHI Scientific | 250U | Ask for price |
Recombinant Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| 7-03632 | CHI Scientific | 750U | Ask for price |
Recombinant Taq Plus DNA Polymerase |
|||
| 7-03633 | CHI Scientific | 2,500U | Ask for price |
 Caspase Fluorometric Substrate Set Plus |
|||
| 55R-1316 | Fitzgerald | 7 x 25 assays | EUR 1048 |
|
Description: Caspase Fluorometric Substrate Set for use in immunoassays activity in the research laboratory |
|||
 Caspase Colorimetric Substrate Set Plus |
|||
| 55R-1317 | Fitzgerald | 7 x 25 assays | EUR 1048 |
|
Description: Caspase Fluorometric Substrate Set for use in immunoassays activity in the research laboratory |
|||
 ECL Plus Western Blotting Substrate |
|||
| AR1196 | BosterBio | 50mL(sufficient reagents for 500 cm2 of membrane) | EUR 101 |
 Up Plus RNA Extraction Kit |
|||
| 20-abx098093 | Abbexa |
|
|
|
|||
 KD Plus DNA Polymerase Enzyme |
|||
| abx071022-100U | Abbexa | 100 U | EUR 244 |
|
|||
KD Plus DNA Polymerase Enzyme |
|||
| abx071022-1200U | Abbexa | 1200 U | EUR 899 |
|
|||
KD Plus DNA Polymerase Enzyme |
|||
| abx071022-200U | Abbexa | 200 U | EUR 314 |
|
|||
) Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant) |
|||
| abx073522-2500U | Abbexa | 2.500 U | EUR 592 |
|
|||
Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant) |
|||
| abx073522-250U | Abbexa | 250 U | EUR 230 |
|
|||
Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant) |
|||
| abx073522-750U | Abbexa | 750 U | EUR 328 |
|
|||
 HIER Solution) Citrate Plus (10x) HIER Solution |
|||
| CPL500 | ScyTek Laboratories | 500 ml | EUR 138 |
Citrate Plus (10x) HIER Solution |
|||
| CPL999 | ScyTek Laboratories | 1000 ml | EUR 205 |
 mTFP-nAb Plus Biotinylated 25µg |
|||
| ABP-NAB-MTFPPB | Allele Biotech | 25µg | Ask for price |
|
|||
 p16-nAb Plus Biotinylated 25µg |
|||
| ABP-NAB-P16PB | Allele Biotech | 25µg | Ask for price |
|
|||
 TNFa-nAb Plus Biotinylated 25µg |
|||
| ABP-NAB-TNFAPB | Allele Biotech | 25 µg | Ask for price |
|
|||
 VEGF-nAb Plus Biotinylated 25µg |
|||
| ABP-NAB-VEGFPB | Allele Biotech | 25µg | Ask for price |
|
|||
) Taq Plus DNA Polymerase (PCR) |
|||
| G012 | ABM | 250 U (50 ul) | EUR 73 |
 2X PCR Taq Plus MasterMix |
|||
| G014 | ABM | 5.0 ml (200 Rxns) | EUR 106 |
Taq Plus DNA Polymerase (PCR) |
|||
| G040 | ABM | 1000 U (200 ul) | EUR 106 |
2X PCR Taq Plus MasterMix |
|||
| G901 | ABM | 25.0 ml (1000 Rxns) | EUR 299 |
Caspase Fluorometric Substrate Set Plus |
|||
| K2146-175 | ApexBio | 7x25 assays | EUR 780 |
Caspase Colorimetric Substrate Set Plus |
|||
| K2147-175 | ApexBio | 7x25 assays | EUR 780 |
Caspase Fluorometric Substrate Set Plus |
|||
| K135-7-25 | Biovision | EUR 707 | |
Caspase Colorimetric Substrate Set Plus |
|||
| K136-7-25 | Biovision | EUR 707 | |
 Protein A/G-Agarose Plus |
|||
| P9303-005 | GenDepot | 5ml | EUR 334 |
Protein A/G-Agarose Plus |
|||
| P9303-010 | GenDepot | 10ml | EUR 752 |
Protein A/G-Agarose Plus |
|||
| P9303-020 | GenDepot | 20ml | EUR 1279 |
Protein A/G-Agarose Plus |
|||
| P9303-050 | GenDepot | 50ml | EUR 1873 |
 2 × Taq Plus Master Mix |
|||
| P211-01 | Vazyme | 5 ml | EUR 134 |
2 × Taq Plus Master Mix |
|||
| P211-02 | Vazyme | 15 ml | EUR 193 |
2 × Taq Plus Master Mix |
|||
| P211-03 | Vazyme | 50 ml | EUR 389 |
 DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus |
|||
| L1049-.1 | ApexBio | 100 uL/well(10 mM solution) | EUR 3527 |
DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus |
|||
| L1049-.25 | ApexBio | 250 uL/well(10 mM solution) | EUR 6253 |
DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus |
|||
| L1049-5 | ApexBio | 5 mg/well | EUR 8155 |
 VAHTS Universal Plus Fragmentation Module |
|||
| N209-01 | Vazyme | 24 rxn | EUR 376 |
VAHTS Universal Plus Fragmentation Module |
|||
| N209-02 | Vazyme | 96 rxn | EUR 1022 |
 Superfrost® Plus microscope slides |
|||
| PO103 | FD Neurotechnologies | box (72 slides) | EUR 94.55 |
|
Description: Best quality products |
|||
 Accuris Taq Plus Master Mix |
|||
| PR1001-TP-1000 | BenchMark | 1 PC | EUR 827.41 |
|
|||
Accuris Taq Plus Master Mix |
|||
| PR1001-TP-200 | BenchMark | 1 PC | EUR 242.84 |
|
|||
Accuris Taq Plus Master Mix |
|||
| PR1001-TP-S | BenchMark | 1 PC | EUR 69.79 |
|
|||
 Caspase Fluorometric Substrate Set 2 Plus |
|||
| 55R-1318 | Fitzgerald | 9 x 25 assays | EUR 1237 |
|
Description: Caspase Fluorometric Substrate Set for use in immunoassays activity in the research laboratory |
|||
 Caspase Colorimetric Substrate Set 2 Plus |
|||
| 55R-1319 | Fitzgerald | 9 x 25 assays | EUR 1237 |
|
Description: Caspase Fluorometric Substrate Set for use in immunoassays activity in the research laboratory |
|||
 bFGF-nAb Plus Biotinylated 25 µg |
|||
| ABP-NAB-BFGFPB | Allele Biotech | 25 µg | Ask for price |
|
|||
 GFP-nAb Plus Biotinylated 25 µg |
|||
| ABP-NAB-GFPPB | Allele Biotech | 25 µg | Ask for price |
|
|||
 mNeonGreen-nAb Plus Biotinylated 25 µg |
|||
| ABP-NAB-MNGPB | Allele Biotech | 25 µg | Ask for price |
|
|||
 p16-nAb Plus Purified Protein 25µg |
|||
| ABP-NAB-P16AB | Allele Biotech | 25µg | Ask for price |
|
|||
 RFP-nAb Plus Biotinylated 25 µg |
|||
| ABP-NAB-RFPPB | Allele Biotech | 25 µg | Ask for price |
|
|||