De volledige chloroplast-genoomsequentie van Quercus chungii (Fagaceae)

Quercus chungii  FPMetcalf, een zeldzame eik die endemisch is in Zuid-China, behoort tot de stam van de samengestelde trichomenbasis (CTB) in de   sectie Cyclobalanopsis . Het volledige chloroplast-genoom van de soort werd in deze studie verzameld en geannoteerd.

Het circulaire genoom was 160.731 bp groot, met een typische quadripartiete structuur, waaronder een groot single-copy-gebied (LSC, 90.140 bp), een klein single-copy-gebied (SSC, 18.911 bp) en twee kopieën van inverted repeat-regio’s (IR’s). , 25.840 bp). Het codeerde in totaal 113 unieke genen, waaronder 79 eiwitcoderende genen, 30 tRNA-genen en vier rRNA-genen.

Genoomsequenties van humaan cytomegalovirus stam TB40/E varianten vermeerderd in fibroblasten en epitheelcellen

De komst van sequencing van het hele genoom heeft onthuld dat gewone laboratoriumstammen van humaan cytomegalovirus (HCMV) grote genetische tekortkomingen hebben als gevolg van seriële passage in fibroblasten. In het bijzonder gaat tropisme voor epitheel- en endotheelcellen verloren door mutaties die de genen UL128, UL130 of UL131A verstoren, die coderen voor subeenheden van een virion-geassocieerd pentamerisch advanced (PC) dat belangrijk is voor virale toegang tot deze cellen, maar niet voor toegang tot fibroblasten. De aan endotheelcellen aangepaste stam TB40/E heeft een relatief intact genoom en is naar voren gekomen als een laboratoriumstam die sterk lijkt op het wildtype virus. Er bestaan ​​echter verschillende heterogene TB40/E-aandelen en gekloonde varianten die een reeks sequentie- en tropisme-eigenschappen vertonen.

Hier rapporteren we het gebruik van PacBio-sequencing om de genetische veranderingen op te helderen die plaatsvonden, zowel op consensusniveau als binnen subpopulaties, bij het passeren van een TB40 / E-voorraad op ARPE-19-epitheelcellen. De lang gelezen gegevens vergemakkelijkten ook het onderzoek van de koppeling tussen mutaties. In overeenstemming met inefficiënte ARPE-19-celinvoer, bevatte ten minste 83% van de virale genomen die aanwezig waren vóór aanpassing veranderingen die van invloed waren op pc-subeenheden. In tegenstelling, en constant met het belang van de laptop voor toegang tot endotheel- en epitheelcellen, misten genomen na aanpassing deze of aanvullende mutaties die van invloed waren op pc-subeenheden.

De sequentiegegevens onthulden ook zes enkele niet-coderende substituties in de geïnverteerde herhalingsgebieden, enkele niet-synonieme substituties in genen UL26, UL69, US28 en UL122, en een frameshift-afknotgen UL141. Van de veranderingen die van invloed zijn op eiwitcoderende regio’s, werd alleen die in UL122 sterk geselecteerd. Deze verandering, resulterend in een D390H-substitutie in het gecodeerde eiwit IE2, is eerder betrokken geweest bij het essentieel maken van een ander viraal eiwit, UL84, voor virale replicatie in fibroblasten. Deze bevinding suggereert dat IE2 en misschien zijn interacties met UL84 belangrijke functies hebben die uniek zijn voor HCMV-replicatie in epitheelcellen.

Sequentiemodificatie op aanvraag: zoek en vervang instruments voor nauwkeurige genbewerking in planten

Tot voor kort was ons vermogen om allelische diversiteit in planten te genereren beperkt tot de introductie van varianten van gedomesticeerde en wilde soorten door te kweken through ongecontroleerde recombinatie of het gebruik van chemische en fysische mutagenen-processen die respectievelijk langdurig en kostbaar zijn of geen specificiteit hebben. Genbewerking biedt een snellere en nauwkeurigere manier om nieuwe variatie te creëren, hoewel de toepassing ervan in planten werd gedomineerd door het creëren van korte insertie- en deletiemutaties die leidden tot verlies van genfunctie, voornamelijk als gevolg van de afhankelijkheid van bewerkingsresultaten op het DNA-herstelpad keuzes die intrinsiek zijn aan hogere eukaryoten.

Andere soorten bewerkingen zoals puntmutaties en nauwkeurige en vooraf ontworpen gerichte sequentie-inserties zijn zelden geïmplementeerd, ondanks het feit dat ze middelen bieden om de expressie van doelwitgenen te moduleren of om de functie en stabiliteit van hun eiwitproducten te manipuleren . De afgelopen jaren zijn er verschillende ontwikkelingen ontwikkeld om aangepaste bewerkingen te vergemakkelijken door de keuzes van reparatiepaden te reguleren of door gebruik te maken van alternatieve soorten DNA-reparatie. We hebben de komst gezien van nieuwe instruments voor het bewerken van genen die onafhankelijk zijn van DNA-dubbelstrengsbreukenreparatie en methoden die volledig onafhankelijk zijn van de DNA-reparatieprocessen van de gastheer worden steeds meer onderzocht. Met het doel een uitgebreid overzicht te geven van de state-of-the-art methodologie voor allelvervanging in planten, bespreek ik de adoptie van deze verbeteringen voor plantgenoomengineering.

Gentelling van doelsequentie-opname plaatst drie volledige genoomduplicatiegebeurtenissen in Hibiscus L. (Malvaceae)

Achtergrond:  De grote diversiteit in genoomgrootte en chromosoomaantal van planten is deels te wijten aan polyploïdisatie (dwz genoomverdubbeling). De verschillen in genoomgrootte en chromosoomaantal tussen diploïde plantensoorten kunnen een venster zijn op het intrigerende fenomeen van genoomverdubbeling in het verleden, dat in de loop van de tijd kan worden verdoezeld door het proces van diploïdisatie. Het geslacht Hibiscus L. (Malvaceae) heeft een grote diversiteit aan chromosoomaantallen en een complexe genomische geschiedenis. Hibiscus is ideaal voor het onderzoeken van genomische gebeurtenissen uit het verleden, need hoewel er twee oude genoomduplicatiegebeurtenissen zijn geïdentificeerd, zullen er waarschijnlijk meer worden gevonden vanwege de diversiteit aan chromosoomaantallen. Om de geschiedenis van duplicatiegebeurtenissen van het hele genoom in Hibiscus opnieuw te beoordelen, hebben we drie alternatieve situation’s getest die verschillende polyploïdisatiegebeurtenissen beschrijven.

Resultaten:  Met behulp van het vastleggen van doelsequenties hebben we een nieuwe probeset voor Hibiscus ontworpen en 87 orthologe genen gegenereerd van vier diploïde soorten. We hebben paralogen gedetecteerd in> 54% vermeende single-copy genen. 34 van deze genen werden geselecteerd voor het testen van drie verschillende situation’s voor genoomduplicatie met behulp van gentelling. Alle soorten Hibiscus die werden bemonsterd, deelden één genoomduplicatie met H. syriacus, en één volledige genoomduplicatie vond plaats langs de tak die naar H. syriacus leidde.

Conclusies:  Hier bevestigden we de onafhankelijke genoomverdubbeling die eerder werd gevonden in de lijn die leidde tot H. syriacus en een gedeelde genoomverdubbeling van deze lijn en de relaxation van Hibiscus. Bovendien vonden we een voorheen onontdekte genoomduplicatie die werd gedeeld door de /Pavonia- en /Malvaviscus-clades (beide genesteld in Hibiscus) met het voorkomen van twee kopieën in wat anders single-copy genen waren. Onze resultaten benadrukken de complexiteit van genomische diversiteit in sommige plantengroepen, wat orthologische beoordeling en nauwkeurige fylogenomische gevolgtrekking moeilijk maakt.

Ontwerp-genoomsequentie van Pandrug-resistente Pseudomonas aeruginosa SPA03, geïsoleerd van een patiënt met goedaardige prostaathyperplasie

Het conceptgenoom van pandrug-resistente Pseudomonas aeruginosa-stam SPA03, die behoort tot de wereldwijde hoogrisicosequentie sort 357 (ST357) en werd geïsoleerd uit een patiënt met goedaardige prostaathyperplasie, wordt in dit rapport gepresenteerd.

De genoomassemblage werd gegenereerd door kort gelezen Illumina HiSeq-X Ten en langgelezen Oxford Nanopore Applied sciences MinION-sequentiegegevens te combineren met behulp van de Unicycler-assembler.

1Kb Plus DNA Marker
20-abx098051	Abbexa	EUR 300.00 EUR 203.00	2.5 ml 500 ul

DL2000 Plus DNA Marker
MD101-01	Vazyme	250 μl	EUR 107

DL2000 Plus DNA Marker
MD101-02	Vazyme	500 μl	EUR 113

Peacock Plus Prestained Protein Marker
9-21531	Biotium	EUR 200.00 EUR 116.00	500UL 50UL
Description: Minimum order quantity: 1 unit of 50UL

Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit
GA-E1340HM-48T	GenAsia Biotech	48T	EUR 289

Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit
GA-E1340HM-96T	GenAsia Biotech	96T	EUR 466

Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit
201-12-1324	SunredBio	96 tests	EUR 440
Description: A quantitative ELISA kit for measuring Human in samples from biological fluids.

Human kaliuretic peptide(KP)ELISA Kit
QY-E02370	Qayee Biotechnology	96T	EUR 361

Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit
CN-03389H1	ChemNorm	96T	EUR 438

Human kaliuretic peptide,KP ELISA Kit
CN-03389H2	ChemNorm	48T	EUR 289

100-5000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use
SGM03	Bio Basic	50loading, 50prep	EUR 67.4

200-2000bp DNA Marker Plus, Ready-to-use
GM401	Bio Basic	50loading, 50prep	EUR 60.44

100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use
D1103-050	GenDepot	500 ul	EUR 151

100bp DNA Marker Plus-50, Ready-to-use
D1103-100	GenDepot	2x500 ul	EUR 192

SureClean Plus
BIO-37047	Bioline	1 x 5ml	Ask for price

SureClean Plus
BIO-37048	Bioline	2 x 12.5ml	Ask for price

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-01	Vazyme	5 ml	EUR 133

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-02	Vazyme	15 ml	EUR 193

2 × Taq Plus Master Mix (Dye Plus)
P212-03	Vazyme	50 ml	EUR 389

2K Plus DNA Marker (8 linear double-stranded DNA bands)
20-abx098046	Abbexa	EUR 258.00 EUR 189.00	2.5 ml 500 ul

2K Plus DNA Marker (9 linear double-stranded DNA bands)
20-abx098047	Abbexa	EUR 258.00 EUR 189.00	2.5 ml 500 ul

100bp Plus DNA Marker (12 linear double-stranded DNA bands)
20-abx098053	Abbexa	EUR 272.00 EUR 189.00	2.5 ml 500 ul

100bp Plus DNA Marker (14 linear double-stranded DNA bands)
20-abx098054	Abbexa	EUR 300.00 EUR 203.00	2.5 ml 500 ul

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-01	Vazyme	5 ml	EUR 134

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-02	Vazyme	15 ml	EUR 193

2 × Taq Plus Master Mix II (Dye Plus)
P213-03	Vazyme	50 ml	EUR 389

i-BRITE Plus
SF40000-10	Neuromics	10 ml	EUR 244

Plus PCR SuperMix
20-abx098888	Abbexa	EUR 244.00 EUR 467.00	1 ml 5 ml

SafeView™ Plus
G468	ABM	1.0 ml (10000X)	EUR 106

Accuris Taq Plus
PR1000-TP-250	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 194.99

Accuris Taq Plus
PR1000-TP-500	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 273.15

Accuris Taq Plus
PR1000-TP-S	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 69.79

ACTGene? DNA Marker, 1 kb Plus Ladder, 19 Fragments, 100 loads
ACT-IDMWD2	ACTGene		EUR 149

Novel Green PLUS (20000X)
LD003-0500	GeneOn	500 µl	EUR 172

Novel Green PLUS (20000X)
LD003-0500L	GeneOn	5x500 µl	EUR 731

SmartBlue PLUS Viewing Glasses
E4000-VG1	MTC Bio	1/pack	EUR 88.88
Description: SmartBlue PLUS Viewing Glasses

Cellmaxin Plus, 10.5mg/ml
C3319-006	GenDepot	6x1ml	EUR 209

Cellmaxin Plus, 10.5mg/ml
C3319-020	GenDepot	20ml	EUR 313

LAMBDA PLUS STARTER KIT
4069	CORNING	1/pk	EUR 643
Description: Corning and Axygen Liquid Handling Equipment; Corning Lambda Plus Single Channel Pipettors

AlbuVoid™ PLUS Kit
NP-AVK-05	Biotech Support Group	5 preps	EUR 405
Description: Albumin Removal Kit

AlbuVoid™ PLUS Kit
NP-AVK10	Biotech Support Group	10 preps	EUR 587
Description: Albumin Removal Kit

AlbuSorb™ PLUS Kit
APK285-100	Biotech Support Group	100 preps	EUR 2029
Description: Albumin Removal Kit

AlbuSorb™ PLUS Kit
APK285-20	Biotech Support Group	20 preps	EUR 521
Description: Albumin Removal Kit

AlbuTrial™ PLUS Kit
AVPS-05	Biotech Support Group	5 preps AlbuSorb™ PLUS & 5 preps AlbuVoid™ PLUS Kit	EUR 521
Description: Albumin Removal Kit

Taq Plus DNA Polymerase
P201-01	Vazyme	250 U	EUR 123

Taq Plus DNA Polymerase
P201-02	Vazyme	1000 U	EUR 178

Taq Plus DNA Polymerase
P201-03	Vazyme	3000 U	EUR 319

Bacteria RNA Plus Reagent
R402-01	Vazyme	20 ml	EUR 130

Superfrost® Plus microscope slides
PO103	FD Neurotechnologies	box (72 slides)	EUR 103

Protein A/G-Agarose Plus
P9303-005	GenDepot	5ml	EUR 334

Protein A/G-Agarose Plus
P9303-010	GenDepot	10ml	EUR 752

Protein A/G-Agarose Plus
P9303-020	GenDepot	20ml	EUR 1279

Protein A/G-Agarose Plus
P9303-050	GenDepot	50ml	EUR 1873

ECL Plus Western Blotting Substrate
AR1196	BosterBio	50mL(sufficient reagents for 500 cm2 of membrane)	EUR 101

Up Plus RNA Extraction Kit
20-abx098093	Abbexa	EUR 370.00 EUR 105.00	100 rxns 2 rxns

KD Plus DNA Polymerase Enzyme
abx071022-100U	Abbexa	100 U	EUR 244

KD Plus DNA Polymerase Enzyme
abx071022-1200U	Abbexa	1200 U	EUR 899

KD Plus DNA Polymerase Enzyme
abx071022-200U	Abbexa	200 U	EUR 314

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)
abx073522-2500U	Abbexa	2.500 U	EUR 592

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)
abx073522-250U	Abbexa	250 U	EUR 230

Taq Plus DNA Polymerase (Recombinant)
abx073522-750U	Abbexa	750 U	EUR 328

Recombinant Taq Plus DNA Polymerase
7-03631	CHI Scientific	250U	Ask for price

Recombinant Taq Plus DNA Polymerase
7-03632	CHI Scientific	750U	Ask for price

Recombinant Taq Plus DNA Polymerase
7-03633	CHI Scientific	2,500U	Ask for price

Caspase Fluorometric Substrate Set Plus
K2146-175	ApexBio	7x25 assays	EUR 780

Caspase Colorimetric Substrate Set Plus
K2147-175	ApexBio	7x25 assays	EUR 780

DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus
L1049-.1	ApexBio	100 uL/well(10 mM solution)	EUR 3527

DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus
L1049-.25	ApexBio	250 uL/well(10 mM solution)	EUR 6253

DiscoveryProbe? Natural Product Library Plus
L1049-5	ApexBio	5 mg/well	EUR 8155

Citrate Plus (10x) HIER Solution
CPL500	ScyTek Laboratories	500 ml	EUR 138

Citrate Plus (10x) HIER Solution
CPL999	ScyTek Laboratories	1000 ml	EUR 205

mTFP-nAb Plus Biotinylated 25µg
ABP-NAB-MTFPPB	Allele Biotech	25µg	Ask for price

p16-nAb Plus Biotinylated 25µg
ABP-NAB-P16PB	Allele Biotech	25µg	Ask for price

TNFa-nAb Plus Biotinylated 25µg
ABP-NAB-TNFAPB	Allele Biotech	25 µg	Ask for price

VEGF-nAb Plus Biotinylated 25µg
ABP-NAB-VEGFPB	Allele Biotech	25µg	Ask for price

Taq Plus DNA Polymerase (PCR)
G012	ABM	250 U (50 ul)	EUR 73

2X PCR Taq Plus MasterMix
G014	ABM	5.0 ml (200 Rxns)	EUR 106

Taq Plus DNA Polymerase (PCR)
G040	ABM	1000 U (200 ul)	EUR 106

2X PCR Taq Plus MasterMix
G901	ABM	25.0 ml (1000 Rxns)	EUR 299

Caspase Fluorometric Substrate Set Plus
K135-7-25	Biovision		EUR 707

Caspase Colorimetric Substrate Set Plus
K136-7-25	Biovision		EUR 707

VAHTS Universal Plus Fragmentation Module
N209-01	Vazyme	24 rxn	EUR 376

VAHTS Universal Plus Fragmentation Module
N209-02	Vazyme	96 rxn	EUR 1022

2 × Taq Plus Master Mix
P211-01	Vazyme	5 ml	EUR 134

2 × Taq Plus Master Mix
P211-02	Vazyme	15 ml	EUR 193

2 × Taq Plus Master Mix
P211-03	Vazyme	50 ml	EUR 389

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-1000	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 827.41

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-200	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 242.84

Accuris Taq Plus Master Mix
PR1001-TP-S	Benchmark Scientific	1 PC	EUR 69.79

Caspase Fluorometric Substrate Set Plus
55R-1316	Fitzgerald	7 x 25 assays	EUR 1048
Description: Caspase Fluorometric Substrate Set for use in immunoassays activity in the research laboratory

Caspase Colorimetric Substrate Set Plus
55R-1317	Fitzgerald	7 x 25 assays	EUR 1048
Description: Caspase Fluorometric Substrate Set for use in immunoassays activity in the research laboratory

Taq Plus DNA Polymerase, 5u/ul
D0090	Bio Basic	200U	EUR 79

Eco-Stain Plus, ready to use
DT81418	Bio Basic	1ml	EUR 137

Bradford(Coomassie) Protein Assay Plus Reagents
P7201-050	GenDepot	450ml	EUR 188

RNase Inhibitor Plus, 20-40 units
R2808-001	GenDepot	10,000 units	EUR 401

RNase Inhibitor Plus, 20-40 units
R2808-100	GenDepot	1000 unis	EUR 107

RNase Inhibitor Plus, 20-40 units
R2808-500	GenDepot	5x1000 units	EUR 253

SCILOGEX Levo Plus Motorized Pipette Filler
LE3001	GenDepot	Set	EUR 504